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蔬菜花卉研究所下设8个研究室，各研究室及其主要任务是：
种质资源室：基因库的管理与维护，国内外种质资源的收集与保存，国内外种质资源的评价、创新与利用，国内外特菜的引进与利用。
生物技术室：蔬菜花卉细胞与基因工程、分子标记技术及应用研究。
十字花科育种室：甘蓝类、白菜类等蔬菜新品种的选育与示范，雄性不育的研究与利用，小孢子培养技术研究与应用。
茄科育种室：鲜食番茄、加工番茄、辣椒、茄子、马铃薯等茄科蔬菜专用新品种的选育与示范，茄科作物基因重组与遗传操作，抗逆生理与遗传。
葫芦科育种室：黄瓜、西瓜、南瓜、甜瓜等瓜类蔬菜专用新品种的选育与示范，加工及功能食品原料品种的选育，抗逆遗传材料的创新。
栽培与采后技术室：栽培设施的设计与园区规划，设施栽培、无公害化生产技术的研究与开发，采后处理与加工技术的研究与开发。
植物保护室：主要病虫害的发生规律研究，综合防治技术及其应用基础研究与开发，育种材料的抗性鉴定技术研究与应用。
花卉室：国内外花卉资源的收集、评价与利用，花卉育种与生产技术的研究与开发，优质花卉种苗快繁技术的研究与开发。
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